由于目前尚无能够治愈克罗恩病（Crohn's disease）的方法，该疾病的治疗重点是：
- 控制症状
- 改善患者生活质量
- 防止并发症
尽早诊断克罗恩病（Crohn's disease）至关重要。克罗恩病（Crohn's disease）伴随的持续炎症将会导致肠壁瘢痕形成，而这可能会使得药物的疗效降低。
克罗恩病（Crohn's disease）患者出现的抽筋、腹泻、发热及其他常见症状都是由于机体无法治愈的炎症反应所致。一旦克罗恩病（Crohn's disease）患者的炎症得到控制，医生就将其描述为该患者处于缓解期。
大多数克罗恩病（Crohn's disease）治疗方案的目标都是实现病情缓解并尽可能维持长时间。克罗恩病（Crohn's disease）病情缓解不仅能够减轻该疾病所致的疼痛和排尿症状，同时也给予肠壁能够愈合的时间。
克罗恩病（Crohn's disease）的治疗方案通常包括：
- 抗炎药。一类被称为氨基水杨酸酯的药物，如柳氮磺胺吡啶（Sulfasalazine）和美沙拉明（Mesalamine），可能适合治疗轻中度克罗恩病（Crohn's disease）病例。
- 皮质类固醇类药物（Corticosteroids）。只在短期内使用这些药物，因为它们会抑制整个免疫系统，并导致一些副作用，如骨质疏松。这些药物包括强的松（Prednisone）和布地奈德（Budesonide）。
- 免疫调节剂。这类药物包括环孢素A（Cyclosporine A）和硫唑嘌呤（Azathioprine），有助于维持克罗恩病（Crohn's disease）处于病情缓解状态。此类药物还可用于治疗瘘管。
- 抗生素。这类药物可用于治疗克罗恩病（Crohn's disease）所致的脓肿和其他细菌并发症。
- 生物制剂。当其他药物不起作用时，医生倾向于使用这类昂贵的药物。生物制剂可靶向作用的方式阻断免疫系统活性。包括英夫利昔单抗（Infliximab）和阿达木单抗（Adalimumab）。
- 饮食和营养管理。改变饮食习惯无法治愈克罗恩病（Crohn's disease），但它可以帮助克罗恩病（Crohn's disease）患者保持充足的营养和处理突发事件。
- 外科手术。如果克罗恩病（Crohn's disease）患者出现严重并发症，如肠梗阻或肠破裂，医生可能会建议行外科手术切除受损的部分肠管。当药物无效时，手术也可能是必要的。
根据克罗恩病及结肠炎基金会的说法，大约70%的克罗恩病（Crohn's disease）患者需要手术治疗。术后复发是常见的，高达60%的克罗恩病（Crohn's disease）患者在术后10年内出现复发。
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